Erforschung von Autoimmunkrankheiten: Uni Lübeck nutzt europaweit Computer von Partner-Hochschulen

Das Grid (englisch für Netz oder Gitter) bezeichnet einen Verbund von Rechnern über die Grenzen der teilnehmenden Institution hinweg. Forschergruppen können somit ihre Auswertungen auf einer Vielzahl von Computern gleichzeitig durchführen und sind nicht auf die lokalen Möglichkeiten beschränkt. Sowohl Rechenlast als auch Speicherkapazität lassen sich durch ein Grid verteilen. Bereits Routine ist diese Technologie in der experimentellen Physik des europäischen Institutes CERN in Genf. Die EU unterstützt Vorhaben, diese Technologie auch auf weitere Forschungsgebiete anzuwenden.

Das EU-Projekt "KnowARC", aus dem das Lübecker Vorhaben finanziert wird, hat ein Gesamtvolumen von 2,9 Millionen Euro und wird von Kernphysikern aus Lund (Schweden) und Oslo (Norwegen) koordiniert. Weitere Partner kommen unter anderem aus Budapest (Ungarn), Kosice (Slowakei), Genf (Schweiz), Kopenhagen (Dänemark), Uppsala (Schweden) und Tübingen. Das von Dr. Steffen Möller am Lübecker Institut für Neuro- und Bioinformatik (INB) geleitete Teilprojekt befasst sich sowohl mit technischen Erweiterungen des Grids als auch mit dessen Nutzung in neuen biomedizinischen Anwendungen.

Für die Lübecker Wissenschaftler stellt sich die Aufgabe, die installierten Programme den im Grid geforderten Aufgaben dynamisch anzupassen. Damit soll die Einbindung des Grids für die Modellierung von Arbeitsabläufen (Workflow) in der Bioinformatik erleichtert werden.

Mit diesen Erweiterungen bereite Lübeck eine gesamtheitliche Auswertung von Daten vor, wie sie bei der Untersuchung von komplexen Krankheiten – etwa Herz- oder Autoimmunerkrankungen – mit Methoden der statistischen Genetik anfallen, hieß es. Dabei würden Sequenz-Variationen der DNA auf eine Korrelation mit beobachteten Abweichungen der so genannten Genexpressionshöhe untersucht. Öffentliche Datenbanken könnten für die Bestimmung erster Arbeitshypothesen hinzugezogen werden, um Stoffwechselprozessen einzugrenzen, die für die jeweilige Krankheit verantwortlich sein könnten.